С 1590 г. — центр Тобольского разряда (включал все города Сибири до 1629 г., до 1708 охватывал преимущественно города Западной Сибири).
С 1596 — место хранения Большой Государевой печати. Тобольские воеводы, формально будучи разрядными воеводами только для большинства западносибирских городов, решали широкий круг общесибирских вопросов и пользовались среди воевод сибирских городов особым авторитетом.
В 1708(1712)-1764 гг. — центр Сибирской губернии (в том числе до 1727 г. губерния включала Вятскую и Соликамскую провинции).
В 1764 г. выделена Иркутская губерния, Тобольск в 1764—1782 гг. — центр губернии (в разных вариантах Сибирской или Тобольской) в составе Енисейской и Тобольской провинций.
В 1782 г. выделены Колыванское (гл. обр. Алтайские заводы) и Пермское (от Сибирской губернии отошли Екатеринбургский горный округ и Верхотурский уезд) наместничества, город — центр Тобольского наместничества (с 1797 — Тобольская губерния), включавшего территории Западной и Восточной Сибири.
В 1804 г. выделена Томская губерния, а Тобольская губерния приобретает границы, близкие к нынешним границам Тюменской области.
В 1822—1838 гг. — центр Западно-Сибирского генерал-губернаторства.
С 5 апреля 1918 г. по 3 ноября 1923 г. — уездный город Тюменской губернии.
В период Временного сибирского правительства Колчака с лета 1918 до августа 1919 — вновь губернский город.
С 3 ноября 1923 г. по 7 января 1932 г. — центр Тобольского округа Уральской области (включал территории всего Среднего и Нижнего Приобья).
С 10 декабря 1935 г. по 14 августа 1944 г. — центр Тобольского округа Омской области в составе Тобольского, Ярковского, Вагайского, Дубровинского и Уватского районов.
С 3 ноября 1923 г. — центр Тобольского района в составе указанных округов или просто в составе областей — Обско-Иртышской и Тюменской.
С 14 августа 1944 г. — город областного значения.
С 2005 г. Муниципальное образование город Тобольск, местопребывание администрации Тобольского муниципального района.
18 июня 1959 года в административное подчинение Тобольского горсовета включён рабочий посёлок Сумкино.
12 ноября 1979 г. — в адм. подчинение Тобольского горсовета включены р.п. Иртышский и р.п. Менделеево.
Физико-географическая характеристика
Географическое положение
Тобольск — основной узел северной части юга Тюменской области, второй по численности город этого региона, административно-экономический центр для трёх районов — Тобольского, Вагайского и Уватского (вместе с Нижнетавдинским составляющих северную группу районов юга Тюменской области). Размещён в южной тайге, почти у границы подтаёжной подзоны, в месте слияния двух крупных рек — Тобола и Иртыша, где течение Иртыша резко меняет своё направление — с субширотного (с востока на запад), на субмеридиональное (с юга на север) — с момента основания и до середины XVIII века это ставило город в узле важнейших речных магистралей Сибири. В дальнейшем, с постепенным освоением более благоприятных для сельского хозяйства сибирских территорий и ростом значения сухопутных видов транспорта, город оказался на северной периферии заселённого района, на пороге обширного, заболоченного и малоосвоенного района Среднего и Нижнего Приобья (т. н. Тобольского, ныне Тюменского Севера). С началом освоения нефтяных и газовых месторождений этой территории Тобольск оказался одним из промежуточных транспортных центров на связывающих Тюмень и города Приобья железнодорожной и автодорожной магистралях. Также в районе Тобольска по направлению к Европейской России проходит ряд магистральных нефте- и газопроводов.