В конце XV века оно было полностью сожжено войсками хана Менгли I Герая и до начала XVIII века сведений о разрушенном поселении не имеется.
В 1711 году во время Прутского похода Петра I поселение вновь было сожжено (по одной версии — татарами, стремившимися уничтожить базу снабжения русских войск, по другой — русскими войсками во время отступления).
В 1766 году молдавский господарь Григорий III Гика подарил земли по реке Реут Ясскому монастырю святого Спиридона и крупным купцам — братьям Александру, Константину и Иордакию Панаите. В имении Панаите началось строительство села Бельцы, которое в конце XVIII — начале XIX веков стало небольшим торговым местечком.
В 1779 году по приглашению турецкого паши в Бельцах поселились еврейские купцы. Три года спустя права и обязанности еврейской общины утверждены властями.
В 1812 году Бессарабия перешла под российскую юрисдикцию, а в 1818 при образовании Бессарабской области, вошедшей в Черту оседлости, Бельцы были назначены уездным городом Ясского уезда. В этом же году Бельцы посетил император Александр I. Считается, что во время своего пребывания в Бельцах император получил известие о рождении племянника (будущего императора Александра II) и в честь этого события повелел присвоить Бельцам статус города.
В 1856 году Бельцы удостоила посещением императрица Мария Александровна.
В 1887 году Ясский уезд был переименован в Белецкий (то есть Бельцкий). В это время в Бельцах проживало ок. 10 тыс. человек, в основном евреи — 70 %, в городе насчитывалось 72 синагоги.
Расположенный на перекрёстке больших дорог (он связывал Черновцы, Хотин, Сороки с Кишинёвом, Бендерами, Аккерманом, Измаилом), город постепенно становился значительным торговым центром Бессарабии. Главным предметом торговли был скот.
Значение Бельц ещё более возросло, когда в 1894 году была построена железная дорога Бельцы-Унгены-Кишинёв и Рыбница-Бельцы-Окница. К началу XX века Бельцы превратились в промышленный город с широко развитой торговлей, множеством заводов и фабрик.
Экономическое развитие Бельц продолжалось и после присоединения Бессарабии к Румынии в 1918 г.
Евреи составляли большинство населения города. Согласно румынской переписи населения 1930 года, из 35000 жителей около 20000 составляли евреи, 10000 румыны (молдаване), и 5000 украинцы и русские.
Бельцы дважды посещал король Румынии Кароль II: в 1924 (ещё будучи наследным принцем) и в 1935 (вместе с сыном — будущим королём Михаем I).
Как и большинство молдавских городов, Бельцы сильно пострадали во время Второй мировой войны. Большая часть оставшегося в городе еврейского населения была уничтожена.
В советское время Бельцы стали крупным промышленным центром со статусом города республиканского подчинения.
В 1991 г. была провозглашена независимость Молдавии. В условиях экономического кризиса, вызванного распадом СССР, большинство предприятий города оказалось на грани выживания. Безработица и резкое снижение уровня жизни привели к тому, что значительная часть жителей покинула город. С 1989 по 2004 население Бэлць сократилось на 20 %. Большинство евреев репатриировалось в Израиль и эмигрировало в другие страны.