Важнейшими источниками информации по истории города в этот период являются прасасти (индон. prasasti) — каменные стелы и таблицы с надписями на санскрите, служившем в Таруманегаре и королевстве Сунда языком богослужения и официальных летописей. Многочисленные прасасти, обнаруженные в Богоре и его окрестностях, заметно отличаются по форме и особенностям текстовой информации от других аналогичных археологических памятников Индонезии и относятся к числу главных достопримечательностей города.
В 1579 году Пакуан был захвачен и практически полностью разрушен войсками султаната Бантам, что положило конец существованию государства Сунда.
В течение короткого времени разорённый город был покинут оставшимися в живых жителями, и на протяжении последующих десятилетий местность, оставаясь практически необитаемой, зарастала джунглями.
Колониальный период
Под властью Нидерландской Ост-Индской компании
Генерал-губернатор Густаф Виллем ван Имхофф — основатель Бейтензорга. Портрет работы Я. М. Кинкхарта, 1742 год
Во второй половине XVII века заброшенный Пакуан, как и большая часть территории западной Явы, оставаясь формально под суверенитетом султаната Бантен, постепенно переходил под фактический контроль Нидерландской Ост-Индской компании (НОИК). Официально под власть голландцев он попал 17 апреля 1684 года — после подписания соглашения между НОИК и наследным принцем Бантена, уступившего колонизаторам значительную часть территории султаната.
Первым — временным — поселением колонизаторов на этом месте был лагерь экспедиции лейтенанта Танувиджаи (индон. Tanuwijaya, сунданца, состоявшего на службе НОИК), направленной администрацией Ост-Индской компании в 1687 году для освоения новой территории. По итогам экспедиции Танувиджае было поручено обосноваться на развалинах Пакуана и обиходить местность для хозяйственной деятельности.
Территория серьёзно пострадала в результате извержения находящегося неподалёку вулкана Салак (индон. Gunung Salak), произошедшего 4—5 января 1699 года, однако вызванные извержением лесные пожары в последующем облегчили корчёвку джунглей и подготовку полей для рисовых посадок и кофейных плантаций. За короткое время вокруг Пакуана было создано несколько сельскохозяйственных поселений (крупнейшее — Кампунг Бару, индон. Kampung Baru), которые в 1701 году были объединены в единый административный район во главе с тем же Танувиджаей (не случайно именно Танувиджая считается в Индонезии основателем Богорского округа).
Под руководством и при личном участии ван Рибека была исследована значительная часть развалин Пакуана, обнаружены и подробно описаны многие археологические находки, включая прасасти, а также возведены новые здания для работавших в Богоре сотрудников НОИК и туземного персонала. Одновременно множились и укрупнялись посёлки крестьян, переселявшихся из других местностей для работы на созданных здесь кофейных плантациях.
Экономическое и административное присутствие НОИК в окрестностях Пакуана быстро расширялось — голландцев привлекали выгодное географическое положение и умеренные климатические условия этой территории, отличавшие её от более жаркой Батавии, административного центра Нидерландской Ост-Индии. В 1744—1745 годах здесь был построен дворец, ставший летней резиденцией генерал-губернатора — с этого времени руководители колониальной администрации неизменно перебирались сюда из Батавии как минимум на три—четыре наиболее жарких месяца в году.