Сандаканская церковь Святого Михаила и всех ангелов постройки 1893 года
В 1883 году в Сандакан был перенесён административный центр владений УКБСБ, первоначально располагавшийся в посёлке Кудат, что повлекло существенное увеличение населённого пункта. По данным переписи, проведённой в 1884 году,в нём проживал 3771 человек, большинство из которых составляли представители народности сулу и китайцы.
В 1888 году, после придания Северному Борнео статуса протектората Великобритании, Сандакан сохранил статус его административного центра.
Выгодное географическое положение пункта — на выходе из глубоководной морской гавани, в непосредственной близости к участкам джунглей, богатых ценной тропической древесиной — обеспечило его ускоренное экономическое и социальное развитие. В 1880-е—1890-е годы были построены многочисленные административные здания, жилые кварталы европейского типа, школы, крупные религиозные сооружения различных конфессий (сохранившиеся до настоящего времени китайский храм Сум Синг Кун 1886 года постройки и церковь Святого Михаила и всех ангелов 1893 года постройки являются главными достопримечательностями города).
Быстрыми темпами развивалась портовая инфраструктура, ориентированная в первую очередь на вывоз тропической древесины. К 1930-м годам из Сандакана на внешние рынки (преимущественно, в Великобританию, Китай и Австралию) поставлялось около 180 тыс. м древесины в год — таким образом, город занял одно из первых мест в мире по этому показателю. Большие масштабы и высокая доходность данного бизнеса обеспечили дальнейшее расширение города и его успешное благоустройство.
Период японской оккупации
Сандаканский мемориальный парк, разбитый в память погибших во Второй мировой войне
В период Второй мировой войны Сандакан, как и вся территория Британского Северного Борнео, был занят вооружёнными силами Японии: оккупация началась 19 января 1942 года, когда немногочисленные силы союзников сдали город противнику.
Город стал центром японской оккупационной администрации Северного Борнео — при этом ему было официально возвращено название Элопура, служил важным опорным пунктом местной группировки японских войск. В городе и его окрестностях содержались тысячи военнопленных союзников (в основном австралийцев) и подневольных индонезийцев, эксплуатировавшихся на строительстве железных дорог и прочей тыловой инфраструктуры.
Штаб австралийских войск в освобождённом Сандакане. Допрос японского военнопленного. Фото октября 1945 года
После начала контрнаступления союзников на Сандакан, сопровождавшегося массированными бомбардировками и артобстрелами города, в конце 1944 года японское командование организовало переброску около двух тысяч австралийских пленных во внутренние районы Сабаха пешими маршами, продолжавшимися до марта 1945 года. В ходе этой переброски, получившей в последующем известность как «Сандаканские марши смерти», а также вскоре по прибытии в новое место дислокации в городке Ранау практически все австралийцы погибли от голода и лишений либо были убиты конвоирами (известно лишь о шестерых выживших). Сандаканские марши смерти считаются самым крупным военным преступлением, совершенным в отношении граждан Австралии.