Японские войска оставались в Сандакане некоторое время после капитуляции Японии и завершения Второй мировой войны и были разоружены силами 9-й австралийской дивизии лишь 19 октября 1945 года. К этому моменту город был практически полностью разрушен.
1945—1963 годы
Разрушения, нанесённые Сандакану в ходе войны, были настолько тяжелыми, что британцы, восстановив контроль над городом, сочли невозможным его дальнейшее использование в качестве административного центра Сабаха, получившего в 1946 году статус коронной колонии: эти функции были переданы городу Джесслтон, впоследствии переименованному в Кота-Кинабалу. В 1940-е—1950-е годы город был восстановлен и вновь приобрел важное экономическое и портовое значение.
В составе Малайзии
После создания в сентябре 1963 года независимой Федерации Малайзии Сандакан был утверждён в статусе столицы одноимённого округа в составе штата Сабах. В период независимости страны он остается вторым по значению городом Сабаха: в экономическом, социальном и культурном плане.
Доколониальный период
Флаг султаната Сулу, в состав которого Сандакан входил в 1650-е—1880-е годы
В Средние века на территории нынешнего города находились деревни различных местных племенных образований, периодически признававших суверенитет тех или иных государств Малайского архипелага. В начале XV века на неё распространилась власть султаната Бруней, который, в свою очередь, в 1658 году уступил её султанату Сулу.
В 1865 году она, вместе с территорией всего нынешнего Сабаха была передана в аренду американскому консульскому агенту в Брунее Клоду Ли Мозесу (англ. Claude Lee Moses), продавшему вскоре права пользования базировавшейся в Лондоне «Американской торговой компании», которая, в свою очередь, перепродала их австро-венгерскому консулу барону Густаву фон Овербеку (нем. Gustavos von Overbeck), активно занимавшемуся коммерческой деятельностью в регионе. Следует иметь в виду, что подобная многоступенчатая передача прав собственности или аренды, еще более осложнявшаяся отсутствием достоверных правовых документов, подтверждающих договорённости между султанами Сулу и Брунея, привела в последующем к многолетнему территориальному спору между независимыми Малайзией и Филиппинами за Сабах.
Появление названия Сандакан, на языке означающее «заложенный, арендованный», связано с созданием на нынешней территории города — на небольшом острове Тимбанг (малайск. Pulau Timbang) в Сандаканской бухте — первого европейского поселения: в 1872 году британский инженер Уильям Кларк Коуи (англ. William Clarke Cowie) основал здесь небольшой торговый пункт, получив соответствующее разрешение от султана Сулу в качестве вознаграждения за контрабандные поставки оружия. При этом сохраняющиеся права Г. фон Овербека на Сабах обусловили активный приток на новое место большого количества австрийских и немецких колонистов, в результате чего созданное поселение получило второе название — Кампунг Герман (малайск. Kampung German, буквально — «Немецкий посёлок»), бывшее в первые годы более известным. В январе 1878 года Г. фон Овербек, уплатив, вместе с компаньонами, султану Сува 5000 американских долларов, получил от него титул «Верховного хранителя и раджи Сандакана».