Автомобильные дороги и инфраструктура
- северное ответвление федеральной автомагистрали М53 «Байкал» Новосибирск — Иркутск;
- автодорога Р398 в Колпашево;
- автодорога Р400 в Мариинск;
- Северная широтная магистраль Пермь — Сургут — Томск (строится).
В городе имеется два моста через Томь: Коммунальный (южный) и Северский (северный). Кроме существующих мостов, представленный в начале 2007 года проект генерального плана города предполагал в будущем строительство ещё одного моста в продолжении переулка Дербышевского, это предложение было затем поддержано городским депутатом Тимуром Хисматуллиным. Позднее проектировщики генплана отказались от идеи постройки нового моста по Дербышевскому, по скорректированному проекту генплана Томска предполагается соединить улицы 79-й Гвардейской Дивизии и Бердскую, с перспективой построения нового моста через Томь от начала последней. Кроме мостов через Томь имеется порядка 20 мостов через Ушайку, несколько мостов через Большую и Малую Киргизки, Басандайку, Кисловку, озеро Керепеть.
16 июня 2011 года было подписано соглашение между мэрией города и компанией «Сибмост» о строительстве третьего моста через Томь в районе «Томских мельниц». На строительство нового моста будет потрачено от 4 до 6 миллиардов рублей. Как ожидается, он станет однимз из звеньев в формирующемся т. н. «малом транспортном кольце» Томска.
Железные дороги
Томск — небольшой железнодорожный узел на однопутной ветви Тайга — Белый Яр (Томская железнодорожная ветвь), соединяющей Томск с Транссибирской магистралью.
Построенная в 1896 году Транссибирская магистраль прошла в обход крупнейшего на то время в Сибири города, к Томску была проложена тупиковая ветвь (подробнее см.: Строительство Транссибирской магистрали в обход Томска). В конце XIX века появилась идея построить ещё одну железную дорогу до Енисейска, однако лишь в 1939 году заключённые построили первый её участок до Асино, а позже строительство линии на Енисейск перестало быть актуальным.
До 1961 года существовала Томская железная дорога. В настоящее время Томская железнодорожная ветвь относится к Западно-Сибирской железной дороге — филиалу ОАО «Российские железные дороги». Поезда из Томска ходят в Адлер, Анапу, Асино, Барнаул, Белый Яр, Москву (фирменный поезд «Томич»), Новокузнецк, Новосибирск, Тайгу.
Водный транспорт
Речные перевозки в основном осуществляются Томской судоходной компанией. Пассажирские рейсы отправляются от речного вокзала, используются теплоходы типа «Заря», «Москва». Ранее использовались также суда типа «Ракета», «Метеор». В летнее время действуют рейсы до Семейкиного острова, Нижнего склада и др. Речные суда также используются для организации загородных прогулок, отдыха на воде. Перевозка грузов в период навигации по Оби и её притокам.