Индонезия
В конце XVIII века под воздействием последствий англо-голландской войны 1780—84 годов и изменений международной экономической конъюнктуры НОИК оказалась в глубоком кризисе, который стал для неё губительным: в 1796 году управление переживавшей банкротство компанией было передано нидерландскому правительственному комитету по ост-индским делам, в 1798 году Батавская республика приняла на себя все соглашения, долги и обязательства НОИК, а в 1800 году последняя была окончательно ликвидирована.
Зависимость от нидерландской короны (1798—1942 годы)
Карта, отображающая расширение границ нидерландских владений на территории Индонезии
Зависимость от НОИК сменилась аналогичными отношениями колонии непосредственно с Нидерландами, причём подобная трансформация не подразумевала сколь-либо существенных изменений системы колониального управления — администрацией Ост-Индии по-прежнему руководил генерал-губернатор, представлявший уже не НОИК, а непосредственно нидерландское правительство. В то же время, с учётом подчинения в этот период Нидерландов наполеоновской Францией, очередной генерал-губернатор — Герман Виллем Дендельс, прибывший на Яву в 1807 году — получил это назначение от Людовика Бонапарта и, соответственно, проводил курс на обеспечение именно французских колониальных интересов. Это сопровождалось, в частности, дальнейшим ограничением власти туземных правителей.
В августе—сентябре 1811 года колония перешла под контроль Великобритании — англичане заняли нидерландские ост-индские владения, чтобы предотвратить их окончательный захват Францией. Преемник Дендельса на посту генерал-губернатора Ян Виллем Янсенс, сохранивший верность Людовику I Бонапарту, попытался организовать вооружённое сопротивление при опоре на небольшие французские и голландские подразделения, однако был пленён британцами и капитулировал. Британским губернатором Томасом Стэмфордом Раффлзом в короткие сроки был проведён ряд существенных административных преобразований, причём новые методы управления и хозяйствования, как правило, значительно превосходили по эффективности нидерландские. Кроме того, в период британской оккупации административный центр колонии был перенесён из Батавии в Бейтензорг (ранее, с 1746 года, там находилась только летняя резиденция голландского генерал-губернатора).
Методы экономической эксплуатации колонии изменялись по мере экономического развития самих Нидерландов: на смену системе принудительных культур во второй половине XIX века пришло плантационное хозяйство, всё большее значение приобретала реализация голландских товаров. С начала XX века к активному участию в освоении Нидерландской Ост-Индии Гаагой были допущены монополии других европейских стран и США.
Стремясь сбить волну освободительного движения голландцы искали пути взаимодействия с частью формировавшейся национальной индонезийской общественно-политической элиты. Так, в 1918 году был сформирован первый в истории Ост-Индии представительный орган — Народный совет (нидерл. Volksraad), в состав которого входили заседатели, представлявшие как нидерландскую колониальную администрацию, так и коренное население Ост-Индии, а также многочисленную и влиятельную китайскую общину. Изначально совет наделялся исключительно совещательными функциями — в частности, генерал-губернатору предписывалось «консультироваться» с ним по финансовым вопросам. В 1925 году совет получил право законодательной инициативы, однако все его решения подлежали утверждению генерал-губернатором.